Tín hữu Báp-tít, nhiều người đã bị cầm tù hoặc hi sinh mạng sống vì niềm tin của họ, đóng vai trò quan trọng trong các cuộc đấu tranh cho quyền tự do tôn giáo và nguyên tắc phân lập giữa giáo hội và nhà nước tại Anh Quốc và Hoa Kỳ. Năm 1612, Smyth viết "các viên chức chính phủ, chiếu theo chức trách của mình, không nên can thiệp vào tôn giáo, hay các vấn đề của lương tâm". Cũng vào năm ấy, Thomas Helwys viết, Hoàng đế Anh có thể "đòi hỏi nơi thần dân những điều nhà vua muốn, và chúng ta phải vâng phục, nhưng đối với Vương quốc của Thiên Chúa, nhà vua không nên can dự vào".

Ủng hộ nguyên tắc phân lập giữa giáo hội và nhà nước không có nghĩa là rút lui khỏi lãnh vực chính trị, và tín hữu Báp-tít thường không tránh né các hoạt động chính trị. Gần đây tại Hoa Kỳ, tín hữu Báp-tít thường tham gia các hoạt động chính trị gây tranh cãi như chống cờ bạc, rượu, phá thai, hôn nhân đồng tính... Tại một số tiểu bang miền Nam, nơi tín hữu Báp-tít cấu thành đại bộ phận dân số, họ đã thành công trong nỗ lực thông qua các đạo luật cấm bán rượu và ngăn cản một số hình thức cờ bạc.